L’attesissima sesta stagione di Squadra Antimafia si apre col botto, letteralmente: quando Domenico Calcaterra (Marco Bocci) sta per fare irruzione all’interno del covo del boss russo Afrikanietz, scopre uno spettacolo lugubre. Tutti i presenti sono stati assassinati, da qualcuno che ha poi piazzato degli ordigni con l’obiettivo di far saltare per aria i poliziotti. Poco dopo scopriremo che l’autore della strage è Filippo De Silva (Paolo Pierobon).
Nel frattempo, mentre lo stesso De Silva tenta di stringere un’alleanza con Veronica Colombo – offrendole la libertà – Vito Sciuto (Dino Abbrescia), parlando con la vedova Ragno (famiglia mafiosa che sarà protagonista della stagione), scopre che Ettore Ragno si è fatto strada nei quartieri alti della mala. Proprio Ettore organizza una rapina che però finisce male: può essere l’occasione buona per incastrare i Ragno ma a causa dei testimoni impauriti, le accuse cadono nel vuoto, almeno per il momento.
Per tenere testa all’opera dei Servizi Segreti deviati, inizia dunque una missione sotto copertura, all’interno della prigione: il primo ad essere arrestato e portato dentro è Sandro Pietrangeli (Giordano De Plano), tornato dal Montenegro, fatto passare per latitante.
De Silva però vuole tenere a bada Calcaterra: prima tenta di farlo uccidere da un suo scagnozzo, poi è lui a salvarlo e a far fuori il proprio uomo, intimando però al poliziotto di lasciar perdere l’operazione Crisalide, il piano che il criminale ha organizzato in combutta coi servizi segreti deviati.