Giunta, ormai, alla penultima puntata della settima stagione, Squadra Antimafia si sta preparando per il gran finale che prevede l’abbandono da parte di Marco Bocci della serie che l’ha fatto conoscere al grande pubblico italiano. La nona puntata si apre proprio con Calcaterra, che in Marocco è riuscito a rintracciare la dottoressa Ferretti e la figlia Sara. In preda alle allucinazioni, l’ex vicequestore della Duomo vuole ammazzare Ada perché collusa: vuole pareggiare i conti poiché la reputa responsabile della morte della collega Lara Colombo, che aveva capito tutto quanto e che nonostante tutto la stava proteggendo. Domenico però si imbatte in alcuni uomini di Keke, mandati dal braccio destro di Torrisi per ammazzare il magistrato. I tre fuggiaschi riescono a sbarazzarsi dei malavitosi e a fuggire, mentre Ferretti racconta di aver corretto in passato dei processi per conto di Torrisi e di Crisalide. Calcaterra allora vuole che la dottoressa si consegni e prepara il loro ritorno in Italia, ma madre e figlia approfittano di un momento di delirio dell’ex poliziotto e scappano.
Intanto la Duomo di Tempofosco, dopo aver riaccolto in squadra la dottoressa Cantalupo, ripresa dal brutto periodo, trova il cadavere di Saro Ragno e l’intervento di Sciuto, portano le indagini a scoprire che dietro l’omicidio del mafioso c’è De Silva. Il covo dei Corvo e di De Silva è poco distante dal luogo in cui è stato trovato Saro. Disperata dalla notizia ricevuta, Carmela Ragno non può piangere sul corpo del figlio e si confida con Don Alfio: Saro aveva intenzione di affrontare Filippo e sfidarlo, è lui l’assassino. Intanto, gli affari con i Corvo procedono bene e sono di nuovo in piazza per la produzione e lo spaccio di droga e anfetamina. Forniscono i mercati di mezza Sicilia. Rachele è decisa a scoprire la verità sulla morte del cugino.
Sandro Pietrangeli collega diverse situazione e ormai non ha più dubbi sul conto di Calcaterra e delle sue attività criminose: nasconde tutta la verità alla Duomo. Sandro è in crisi per Carmela, mentre la Duomo sequestra un camion di merce sospetta. Si scopre che l’alleanza De Silva-Corvo-Torrisi stanno tentando di rendere meticolosamente raffinata una sostanza, detta metanfetamina, prodotta secondo tecniche usate in Kazakistan. Ma uno dei rifinitori del processo di raffinamento delle sostanze chimiche, riesce a scappare ma il braccio destro di Torrisi, Keke, lo ammazza. Trovato dalla Duomo il cadavere dell’uomo, Cantalupo capisce di cosa si stanno occupando i clan nemici e con Tempofosco preparano un blitz con l’intento di trovare il “laboratorio” dei Corvo nella zona dove è stato trovato l’uomo.
L’intervento di De Silva crea un diversivo per depistare la Duomo e sembra riuscirci. Furibondo Torrisi non si fida più di De Silva, dei Corvo e di Keke: le indagini della Duomo proseguono e la squadra antimafia potrebbe arrivare ai suoi affari, facendo saltare il piano del condotto italo-kazako. De Silva gli consiglia di fidarsi di lui e di passargli i suoi contatti esteri per organizzare un nuovo collaudo di droga e metanfetamina. Intanto Tempofosco capisce che De Silva li sta prendendo in giro e Cantalupo propone di continuare in segreto le indagini e di rintracciare un luogo che abbia a che fare con la società bancaria di Torrisi: quello è il nuovo covo.
Ada Ferretti e la figlia stanno scappando, ma la situazione si complica: Sara non vuole più scappare e chiede alla madre di ritornare in Italia per affrontare la situazione e far arrestare il mafioso Torrisi. Intanto Rachele Ragno entra nel pc di De Silva e scopre che l’ex agente dei servizi segreti li sta ingannando e sta facendo il doppio gioco. Per chi lavora? Rachele lo affronta ma viene colpita alla gola e cade a terra apparentemente morta. Tempofosco, grazie all’intuizione di Anna, arriva al covo dei Corvo, una vecchia fabbrica in declino legata alla Little Bank di Torrisi e avvisa la Duomo: in un terribile scontro a fuoco il capo della squadra antimafia si trova a farsi spalleggiare da De Silva, che ammazza Keke e qualche kazako.
Mentre Tempofosco cerca di arrestare De Silva, arriva la Duomo e sequestra la fabbrica. Sciuto viene ferito e vede Carmela Ragno essere catturata da qualcuno. Intanto la Cantalupo accompagna l’ispettore Caputo alla villa di Torrisi: hanno l’ordine di fermo e di arresto per il socio del Broker. Sul finale di puntata mentre la Duomo arresta i Corvo, si scopre che Rachele è ancora viva e che Carmela è stata rapita da Spagnardi: l’uomo non è morto e il suo obiettivo è uccidere De Silva, perciò i due si alleano. Calcaterra si riprende dal suo malore, mentre Ada e la figlia hanno deciso di ritornare a casa per fare la cosa giusta.